清圣祖为掌握皇权设置南书房，清世宗则使南书房地位逐步降低
后金政权建立之后沿袭旧制有一个著名的“议政王大臣会议”，这个机构权力很大，对君主的中央集权十分不利。到定鼎中原后，清朝就开始逐步开始加强皇权，削弱议政王大臣会议的权力，到清高宗时期就直接将其取消。为了加强皇权，清圣祖和世宗父子二人各自设置一个机构，清世宗为什么不继续利用父皇的机构还要再另辟蹊径再弄一个新的呢？
首先先讲一下议政王大臣会议，这一制度的形成最开始是在崇祯十年（1637年），也就是皇太极建立清朝的第二年，主要是为了团结一切可以团结的贵族力量。一开始只有八个人（就是八旗旗主，每个旗主可以带三个人）。旗主被称为议政王，每个旗带来的三人叫议政大臣。
其实早在努尔哈赤的时候就已经有这种制度，那时候的八大贝勒权力很大，即使后金可汗做出来决定，八大贝勒也可以集体否决。为了削弱各大贝勒的权利，皇太极建立了议政王大臣会议，并不断地增加参会人员的数量，当然后增加进去的都是自己的亲信。即使是这样，也会时常发生否定帝王决定的事情，直到南书房的出现。
康熙年间，朝廷的权力一则受议政王大臣会议的限制，国家大事需经过议政王大臣会议，而这些满洲王公贵族地位较高，有时与皇帝意见发生矛盾，皇帝也不得不收回成命；二则内阁在名义上仍是国家最高政务机构，控制着外朝的权力。
康熙帝为了把国家大权严密地控制在自己手中，成立了南书房，决定以南书房为核心，逐步形成权力中心。许多政令绕过了议政王大臣会议，直接出自南书房，议政王大臣会议的权利被削弱。同时把外朝内阁的某些权力收入内廷，实现了中央高度集权，把权力紧紧地抓在皇帝自己手中。
南书房设立于康熙十六年（1677年）。南书房并无员额限制，供职的官员亦无品级，但必须由皇帝亲自铨选，“非崇班贵胄，上所亲信者不得人”，被选人值的称之为“南书房行走”，设立南书房的目的是调整中央权力。清初保留的“议政王大臣”会议制度“凡军国政务不由阁臣票发者，皆交议政大臣，每朝期坐中左门外会议，如坐朝仪”。重要的国家大事均由“国议”决定。而清廷又仿明朝设立内阁为处理政务的最高官署。一方面少数王公贵族权力过大，另一方面内阁居六部之上，这种体制不利于皇权的集中。为改变这种状况，康熙皇帝“建立南书房于乾清门右阶下，拣择词臣才品兼优者充之”，成为处理政务的机要班子。为了便于宣召有关大臣，康熙帝还特地下令“于内城拨给间房，停其升转，在内侍从”。入选南书房的大臣秉承皇帝的旨意，撰拟诏谕，发布政令，参与处理军国大事，起到了加强皇权、削弱国议和内阁权力的作用。设立南书房的另一个原因是为了笼络汉族知识分子。
从一开始，南书房就列入清朝会典，承担重要工作（包括撰拟一些皇帝谕旨），享有盛誉。办公处所被划定在内廷行政区域的核心，位于乾清门西侧。能担当如此重要的文墨和行政职责，又毗邻着皇帝生活区域，这样的任命令人垂涎。
康熙朝共有四十八位汉人和一位满人有幸进入这一声名显赫的机构。其中许多人来自翰林院。比如张廷玉之父、大学士张英供职南书房，是当时身居高位的知名学者。南书房办事效率极高，因为它的办公处所位于内廷秘密之地，这一位置使得皇帝可以很快见到南书房中的饱学之士，随时可以要求他们侍奉并确保商讨政策和撰拟谕旨的机密。
雍正皇帝统治之初，延续父亲康熙皇帝的做法，任命出类拔萃的汉人供职南书房。但不久雍正皇帝开始削弱南书房在朝廷中的显赫地位，任命一些中级人员、心腹官员的年轻子侄，甚至是新科进士。
有一人被任命为“行走”，而康熙皇帝不可能选取这种人进入他最信任的汉人官员供职的内廷机构。南书房的办公场所也挪作他用。有记载说，张廷玉独在它的西炕间以行使内中堂的职责。在接下来的乾隆朝，它作为内廷人员办理庶务的场所，一度是抄录某一实录修订版本（清朝开国皇帝努尔哈赤的实录）的地方。
雍正朝的最后三年间，圆明园中的南书房也被内中堂和另一内廷机构使用，后者即新建的非正式机构：办理军机大臣。南书房在内廷区域撰拟谕旨的重要职责也被削弱了，并逐步转移到了由雍正皇帝专门指派的内廷新的个人和机构手中。在乾隆朝，这一职责移至军机处，尽管南书房继续存在。
雍正皇帝对南书房的处置，与最终成为他重组内廷的许多特色做法一脉相承。开始时，南书房作为从康熙皇帝那里继承的朝廷组织结构中的一部分，雍正皇帝小心翼翼地予以保留，但同时逐渐削弱它。
南书房继续存在，但是光彩日少、职责逐渐被削弱。雍正皇帝希望建立自己的内廷机构并任命自己的人员。若需要任何重要的内廷机构，他就去创建。一个机构在半个世纪中与康熙皇帝亲近，拥有高官显贵，拥有法定地位，如此高的声望是雍正皇帝不能容忍的。
雍正皇帝也从康熙皇帝那里继承了声名显赫的议政王大臣会议（简称议政处），康熙时期，议政王大臣会议承担着特殊职责，制定军事政策并商讨关系满人切身利益的事情：人员任命，保持风俗习惯，资助八旗穷人，以及是否允许从事对外贸易等。
但是雍正皇帝继位以后，想要降低满洲王公和八旗的影响，这就要求削弱议政王大臣会议。为此目的，雍正皇帝实施积极和消极的两手，这是他应付从康熙皇帝那里承继的内廷机构的特色。结果，尽管他显得犹豫不决、优柔寡断，但事实上，他的解决办法与处置南书房的相同，既削弱了议政王大臣会议的重要性，又避免疏远有权势的满洲贵族。
议政王大臣会议得以保留，继续任命议政王及议政大臣。雍正初期，赋予了它许多任务，商讨如人事任命与军队调遣等军务。然而，同时它慢慢被削弱。因事关议政王大臣会议中的满洲权贵，雍正皇帝不得不小心从事。
雍正皇帝对议政王大臣会议的不满，早在雍正元年（1723年）时就已表露无遗，他严厉斥责议政王大臣会议，因为一项决定“尚未行，早已泄露，人人皆知”。雍正皇帝非常愤怒，将其中一些大臣解职。后来雍正皇帝谕准任命外省官员为朝中重要武职，但同时又吐露，他不信任议政大臣所提供的信息。
雍正皇帝也采用制衡的策略对付议政王大臣会议，不让它垄断议题、消息渠道或是文件他最喜欢的方法是行使皇帝指定权力，变换讨论人员，这是一种“竞争性行政”。
雍正初期，议政王大臣会议常常与总理事务王大臣以及兵部共同议政，有时三个机构中的两个被任命来共同议事，但渐渐地，一个问题指派给一个机构单独商议，该机构负责再将该问题转交另一机构讨论。
这种议程与康熙朝后期的情形大不相同，当时议政王大臣会议总是负责讨论军事政策。不断变换议事集团的谋略，确保了雍正时没有哪个内廷机构可以独占对重要政策的制定。同时，议事不妥要受到处分，这样做是期望随后其他的议事人员能揭露这种不法行为。
但议政王大臣会议并没有彻底失势，雍正皇帝偶尔会让它处理重要的事务。雍正七年（1729年）指派它与刑部一同处理一起重要的煽动性言论的案件，这很显然不属于它通常所议的军事问题。此外，雍正初年，它的专门知识和经验也使它定期参议西藏事宜。但很显然，雍正皇帝知道议政王大臣会议中满人占优势，声望很高，不易对付，这使得他寻求新的内廷机构来处置军务。
在雍正朝中后期，为了筹划对准噶尔的战争，且不借助于议政王大臣会议，雍正皇帝转向由内廷代理人及其下属组成的新的高层内廷梯队：军需房和办理军需大臣（后来成为“办理军机大臣”）。他的新安排很好地满足了他的要求：这些人员是非正式的，没有传统根基并且声望很低。
至乾隆五十六年（1791年）十月二十四日，乾隆帝谕旨称：“国初以来，设立议政王大臣，彼时因有议政处，是以特派王大臣承充办理。自雍正年间设立军机处之后，皆系军机大臣每日召对，承旨遵办，而满洲大学士尚书，向例俱兼议政虚衔，无应办之事，殊属有名无实。朕向来办事，祇崇实政，所有议政空衔，著不必兼充，嗣后该部亦毋庸奏请。”取消了议政王大臣职名，自此议政王大臣会议制度也随之消失。
